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基因中心---馮芳君

來源: 作者: 發布時間:2017-11-17 14:49:00 瀏覽次數: 【字體:

一、個人簡介

馮芳君,女,1981年11月出生。
學歷: 1999.9-2003.7 浙江師范大學生物科學專業獲得理學學士學位
           2003.9-2006.7 華中農業大學作物遺傳育種專業獲得農學碩士學位
工作經歷: 2006.7-至今 上海市農業生物基因中心實驗室從事水稻抗旱性遺傳基礎研究

二、業績簡介


1.論著:

1. Feng FJ, Xu XY, Du XB, et al. Assessment of drought resistance among wild rice accessions using a protocol based on single-tiller propagation and PVC-tube cultivation. AUST J CROP SCI, 2012, 6(7):1204-1211.
2. 高歡,徐小艷,馮芳君等. 水稻導入系聚合派生耐旱株系的培育和導入遺傳成份的分子檢測. 分子植物育種, 2010, 8(6): 1120-1127.
3. 鄧姍,李華娟,馮芳君等. 旱稻品種IRAT109輻照誘變突變體的篩選和鑒定. 中國水稻科學,2010,24(5):523-526.
4. Wen WW, Mei HW, Feng FJ, et al. Population structure and association mapping on chromosome 7 using a diverse panel of Chinese germplasm of rice(Oryza sativa L.). Theor Appl Genet, 2009, 119:459-470.
5. Mei HW, Feng FJ(并列第一), Lu BR, et al. Experimental validation of inter-subspecific genetic diversity in rice represented by the differences between the DNA sequences of 'Nipponbare' and '93-11'. Chinese Science Bulletin 2007, 52(10):1327-1337.
6. 馮芳君, 羅利軍, 李熒等. 水稻InDel和SSR標記多態性的比較分析. 分子植物育種, 2005, 3: 725-730.

2.獲獎情況:

1. 栽培稻秈粳亞種間遺傳多樣性研究和專化性分子標記開發利用. 上海市農業科學院成果獎二等獎,2007. 排名1
2. 水稻基因資源創新和分子技術育種. 上海市科技進步獎,2007. 排名12


三、助跑研究內容

1.研究方向:

水稻中胚軸延長的全基因組關聯分析和遺傳定位;
旱稻IRAT109基因組de nove測序組裝,發掘水旱稻之間基因組成分變異。

2.研究內容:

一、水稻中胚軸延長的全基因組關聯分析和遺傳定位。 水稻中胚軸延長特性有助于種子從較深土層下快速、整齊地出面。因此,選育具有中胚軸延長特性的品種是直播技術推廣的重要前提。目前,關于中胚軸延長的水稻資源的篩選已有部分報道。水稻中胚軸延長的特性在不同稻種資源中存在很大的變異。本研究擬采用全基因組關聯分析的方法檢測水稻微核心種質和典型水旱稻品種的合并群體中控制中胚軸延長特性的SNP關聯位點、利用極端表型混池篩選偏分離連鎖標記,結合表達譜分析篩選控制中胚軸延長特性的候選基因。

1、對水稻微核心種質和典型水旱稻品種的合并群體進行中胚軸延長的全基因組關聯分析;
2、把供體親本與中胚軸不延長品種(即育成品種或三系材料)雜交,建立F2或F3代的分離群體,通過培養基上黑暗培養方法鑒定出中胚軸長度最大和最小的個體,分別構建兩個極端的混合DNA樣品池,運用基因組重測序技術篩選偏分離連鎖標記;
3、利用水稻參比基因組序列和基因功能注釋等公共數據庫,運用生物信息分析技術開展目標QTL區間的候選基因搜索工作,預計可搜索到數十到數百個候選基因;
4、考慮到中胚軸和胚芽鞘延長特性與細胞分裂、增長等密切相關,該性狀的表達受到光照的強烈抑制,課題組計劃通過基因功能預測對初選候選基因進行篩選;同時采集不同中胚軸和胚芽鞘長度品種、黑暗和光照對比條件的幼苗樣品,通過轉錄組測序或者定量PCR方法鑒定可能與中胚軸和胚芽鞘延長相關的基因,進一步壓縮候選基因的范圍,獲得數個或數十個最有可能的候選基因,用于后續基因功能研究。

二、旱稻IRAT109基因組de nove測序組裝,發掘水旱稻之間基因組成分變異。

選取耐旱水稻品種開展全基因組de novo測序,將有利于我們開展旱稻與日本晴、9311等現有水稻基因組序列進行比較基因組學分析,如基因家族的擴增和收縮,較大的SV結構變異,特定基因拷貝數的變異及其在染色體上空間排列的不同等等分析內容,并為后續旱稻的QTL定位、GWAS分析等提供一個更好的reference參考序列。 已經與壹基因公司合作組裝旱稻IRAT109基因組,基于此,我們將從基因組DNA序列水平分析旱稻與日本晴、9311等水稻品種的差異,如是否存在特定基因家族(尤其是脅迫應激、水分吸收與蒸發、ABA通路相關等)的擴張、基因家族成員在染色體上的排列方式是否發生改變、SV等大的結構變異。 本人計劃到浙大農業與生物技術學院樊龍江教授實驗室交流學習,合作挖掘水稻、旱稻、稗草之間的基因組差異。

3.完成的指標及完成時限:

2015年新增主要參與(排名前3)部市級科研項目1項,主筆在SCI期刊發表論文1篇。
2016年新增主要參與(排名前3)部市級科研項目1項,主筆在SCI刊發表論文1篇,申報院科技成果獎1項,參加一次國內學術交流活動,并作交流發言。


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